• Отдел кадров и профессиональной подготовки
• Отдел бухгалтерского учета и контроля
• Отдел собственной безопасности
• Юридический отдел
• Планово-финансовый отдел

Первый заместитель начальника таможни:

• Отдел организации таможенного контроля
• Отдел анализа и управления рисками
• Отдел анализа и контроля таможенных процедур
• Отдел проведения операций таможенного контроля
  
• Таможенный пост "Бенякони"
• Таможенный пост "Котловка"
• Таможенный пост "Каменный лог"
  
• Таможенный пост "Ошмянский"
  

Заместитель начальника таможни:

• Отдел тарифного регулирования
• Отдел таможенных платежей
• Отдел взыскания таможенной задолженности
• Отдел по работе с изъятым и конфискованным имуществом
• Отдел организационно-распорядительных документов
• Отдел идеологической работы
• Таможенный пост "Волковыск"
• Таможенный пост "Гродно-2"
  

Заместитель начальника таможни:

• Оперативно-дежурный отдел
• Отдел по борьбе с контрабандой
• Оперативно-поисковый отдел
  
• Отдел таможенных расследований
• Кинологический отдел
  
• Отдел таможенной инспекции
  
• Таможенный пост «Берестовица»
• Таможенный пост "Брузги"
  

Заместитель начальника таможни:

• Отдел информационной безопасности и автоматизации таможенных операций
• Отдел технических средств, таможенного контроля, связи и вычислительной техники
• Отдел развития таможенной инфраструктуры
• Административно-хозяйственный отдел
• Отдел транспортного обслуживания
  
• Таможенный пост "Привалка"