• Аддзел кадраў і прафесійнай падрыхтоўкі
  
• Аддзел бухгалтарскага ўліку і кантролю
• Юрыдычны аддзел
• Аддзел уласнай бяспекі
• Планава-фінансавы аддзел

Першы намеснік начальніка мытні:

• Аддзел арганізацыі мытнага кантролю
• Аддзел аналізу і кантролю мытных працэдур
  
• Аддзел аналізу і кіравання рызыкамі
• Аддзел правядзення аперацый мытнага кантролю
• Мытны пост "Беняконі"
• Мытны пост "Катлоўка"
• Мытны пост "Каменны лог"
• Мытны пост "Ашмянскі"
  

Намеснік начальніка мытні:

• Аддзел мытных плацяжоў
• Аддзел тарыфнага рэгулявання
• Аддзел спагнання мытнай запазычанасці
• Аддзел па рабоце з выключанай і канфіскаванай маёмасцю
• Аддзел арганізацыйна-распарадчых дакументаў
• Аддзел ідэалагічнай работы
• Мытны пост «Ваўкавыск»
• Мытны пост "Гродно-2"
  

Намеснік начальніка мытні:

• Аддзел па барацьбе з кантрабандай
• Аператыўна-пошукавы аддзел
  
• Аддзел мытных расследаванняў
• Аддзел мытнай інспекцыі
• Аператыўна-дзяжурны аддзел
• Кіналагічны аддзел
• Мытны пост «Брузгі»
• Мытны пост "Бераставіца"
  

Намеснік начальніка мытні:

• Аддзел тэхнічных сродкаў мытнага кантролю, сувязі і вылічальнай тэхнікі
• Аддзел інфармацыйнай бяспекі і аўтаматызацыі мытных аперацый
• Аддзел развіцця мытнай інфраструктуры
• Адміністрацыйна-гаспадарчы аддзел
• Аддзел транспартнага абслугоўвання
  
• Мытны пост "Прывалка"